高低温试验箱的控制系统亦称为温控系统，其是整个高低温试验箱的核心部件，任何操作的指挥中心，一旦系统紊乱，整台设备将无法正常工作，直接影响试验结果，了解高低温试验箱的控制系统，利于设备的选型和后期维护保养。任何一款设备，它们的可控制系统通常分两大类：一类是单点式，另一类为可程式。
常见的高低温试验箱的单点式控制系统为按键控制仪器，其是由设定一个指令，完成一个指令，每次仅能设定一个指令。比如：将高低温试验箱的试验条件设置成-30℃，试验2小时后，从室温开始降温，一直到-30℃，维持低温2个小时，仪表便自动报警，提示试验结束。若想将试验条件设置成-30℃试验2两个小时，然后在上升到70℃试验两个小时，这是两个指令，必须等到第一个指令完成之后，方可手动设定第二条指令，才能玩成试验。如果高低温试验箱自动完成这两条指令，这个可称之为可程式控制。
高低温试验箱的可程式控制大多数选用触摸屏控制器。可程式控制仪是用来进行交变试验的，具有120组程式1000段999循环步骤的容量，每段时间设定最大值为99小时59分，并且控制器操作界面中有英文可供选择，屏幕可显示实时运转曲线图。试验箱还具有RS-232或RS-485通讯界面，可在电脑上设计程式，监视试验过程并执行自动开关机等功能。如今随着试验要求的提高，试验操作的更人性化，可程式控制系统在环境试验设备领域被广泛应用。